根据中共中央办公室国务院办公厅关于印发内蒙古自治区人民政府机构改革方案的通（厅字【2009】4号）精神，设立内蒙古自治区水利厅，为自治区人民政府组成部分。
一． 职责调整
（一）取消已有自治区人民政府公布取消的行政审批事项。
（二）取消拟定水利行业经济调节措施,指导水利行业多种经营工作的职责。
（三）加强水资源的节约,保护和合理配置，保障城乡供水安全，促进水资源的可持续利用；加强防汛抗旱工作，减轻水旱损失。
二． 主要职责
（一）负责保障水资源的合理开发利用，拟定全区水利规划和政策，起草有关地方性法规规章草案，组织编制全区重要江河湖泊的流域综合规划,防洪规划等重大水利规划；按规定制定全区性水利工程建设有关制度并组织实施，负责提出全区水利固定投资的规划和方向,国家级和自治区级财政性资金安排的意见，按规定权限审批,核准规划内和年度计划规模内固定资产投资项目；提出自治区水利建设投资安排建议并组织实施。
（二）负责生活,生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障，实施水资源的统一监督管理，拟定全区水中长期供求规划,水量分配方案并监督实施；组织开展水资源调查评价工作，按规定开展水能资源调查工作；负责全区重要流域,区域以及重大调水工程的水资源调度，组织实施取水许可,水资源有偿使用的制度和水资源论证,防洪论证制度；指导水利行业供水和乡镇供水工作。
（三）负责水资源保护工作，组织编制水资源保护规划，组织拟定重要江河湖泊的水功能区划并简监督实施；核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议；指导饮用水水资源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源保护工作。
（四）负责防洪水旱灾害，承担自治区防汛抗旱指挥部的具体工作；组织,协调,监督,指挥全区防汛抗旱工作，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度，编制全区防汛抗旱应急预案并组织实施；指导水利突发公共事件的应急管理工作。
（五）负责节约用水工作，拟定节约用水政策，编制节约用水规划，制订有关标准，指导和推动节约型社会建设工作。
（六）指导水文工作，负责水文水资源监测,全区水文网站建设和管理；对江河湖泊和地下水量,水质实施监测，发布水文水资源信息,情报预报和水资源公报。
（七）指导水利设施,水域及其岸线的管理与保护，指导全区重要江河,湖泊,水库及河口的治理和开发；指导水利工程建设与运行管理，组织实施具有控制性的和跨盟市的重要水利工程建设与运行管理。
（八）负责防治水土流失，拟定水土保持规划并监督实施，组织实施水土流失的综合治理,监测预报并定期公告；负责自治区立项的建设项目水土保持方案的审批,监督实施及水土保持设施的验收工作；指导重点水土保持建设项目的实施。
（九）指导农牧区水利工作，组织协调全区农田草牧场水利基本建设，指导农村饮水安全,节水灌溉等工程建设与管理工作；指导牧区水利工作，指导农村牧区水利和社会化服务体系建设；按规定指导农村牧区水能资源开发工作，指导水电农村电气化和小水电代燃料工作。
（十）负责全区重大涉水违法事件的查处，协调,仲裁跨盟市水事纠纷，指导水政监察和水行政执法工作；依法负责水利行业安全生产工作，组织,指导水库,水电站大坝的安全监管；指导水利建设市场的监督管理，组织实施水利工程建设的监督。
（十一）开展水里科技和外事工作，组织开展水利行业质量监督工作，拟订水利行业的技术标准,规程规范并监督实施；承担水利统计工作，办理国际河流有关涉外事务。
（十二）承办自治区人民政府交办的其他事项。
三． 内设机构
根据上述职责，自治区水利厅设10个内设机构；
（一）办公室
负责会议的组织,综合材料的起草和机关文秘,档案,保密,财务,保卫,调研,信息,宣传,新信访,督察,政务公开,史志年鉴的编纂,规章制度建设等工作，指导信息化建设工作。
（二）人事处
负责机关和直属单位的机构编制,人事管理,劳动工资等工作，组织实施目标责任考核及干部监督工作，负责专业技术人员的职称评聘工作，指导水利系统人才队伍建设工作。
（三）计划财务处
组织编制自治区水利流域综合规划,专业规划和年度投资计划，会同有关部门制定水利长期供求规划工作；负责水利工程建设项目合规性审查，承担大中型和直属水利基建项目的立项和报批工作；承担厅管各类资金的计划,分配与监督检查和厅及厅属单位的国有资产管理等工作；承担水利统计和水利审计工作。
（四）科技处
负责编制水利科技教育发展规划并组织实施，拟订水利行业技术标准,规程规范并监督实施，组织重大水利科学研究,技术引进和科技推广。
（五）建设与管理处
承担全区水利工程建设的行业标准，指导水利设施,水域及其岸线的管理和保护；指导全区重要河流,湖泊,水库及河口的治理和开发，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导水利工程建设与运行管理，指导水利建设市场的监督管理，组织实施具有控制性的和跨盟市的重要水利工程建设与运行管理。
（六）水土保持处
负责全区水土流失综合治理工作，组织编制水土保持规划及监督实施工作；组织全区水土流失监测,预报并公告；审核开发建设项目水土保持方案并监督实施。
（七）农牧水利处
组织协调全区农田草牧场水利基本建设，指导农村牧区饮水安全,节水灌溉,排水及水洪资源利用等工程建设与管理；指导农村牧区水利社会化服务体系建设；指导农村牧区小水电开发,规划和建设管理，指导水电农村电气化和小水电代燃料工作。
（八）水资源处（全区节约用水办公室）
负责全区水资源管理,配置,节约和保护工作，承担自治区节约用水办公室的日常工作；组织指导全区水权制度建设，组织实施全区水资源调查,评价和监测工作；组织实施水资源取水许可,水资源有偿使用,水资源论证等制度；指导水量分配,水功能区划和水资源调度工作并监督实施，组织编制水资源保护规划；指导饮用水水资源保护,城市供水的水资源规划,城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；指导入河排污口设置工作，指导计划用水和节约用水工作；承办国际河流有关涉外事务。
（九）水政与安全监督处
起草涉水的地方性法规规章草案，承办厅行政应诉,行政复议,行政赔偿工作；负责水利行政执法监督工作，组织指导水政监察工作；配合流域机构调处外省水事纠纷，调处跨盟市的水事矛盾；承担全区水利行业安全生产工作，组织指导全区水库,水电站等水利工程安全监督工作，负责调查处理并协调解决重大水利安全事故。
（十）自治区防汛抗旱指挥部办公室
组织,协调,监督,指挥全区防汛抗旱工作，对重要江河湖泊和重要水利工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；编制自治区防汛抗旱应急预案并组织实施；负责全区水旱灾情发布，指导,监督重要江河防汛抗洪抢险工作；组织协调指导山洪等灾害防御工作以及蓄滞洪区安全建设,管理和运用补偿工作，负责洪泛区,蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。
机关党委负责机关和直属事业单位的党群工作。
离退休人员工作处负责机关离退休人员工作，指导直属单位离退休人员工作。
四． 人员编制
自治区水利厅机关行政编制为63名，其中：厅长1名,副厅长3名,总工程师1名（副厅级），处级领导职数24名（12正<含机关党委专职副书记,离退休人员工作处处长各1>名,12副）
五． 其他事项
（一）水资源保护与水污染防治的职责分工：自治区水利厅对水资源保护负责，自治区环境保护厅对水环境质量和水污染防治负责。两部门要进一步加强协调与配合，建立厅际协商机制，定期通报水资源保护与水污染防治有关情况，协商解决有关重大问题。自治区环境保护厅发布水环境信息，对信息的准确性、及时性负责。自治区水利厅发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与自治区环境保护厅协商一致。
（二）河道采砂管理的职责分工：自治区水利厅对河道采砂影响防洪安全、河势稳定、堤防安全负责；自治区国土资源厅对保障河道内砂石资源合理开发利用负责；自治区交通厅对河道采砂影响同行安全负责。由自治区水利厅牵头，会同自治区国土资源厅、交通厅等部门，负责河道采砂监督管理工作，统一编制河道采砂规划和计划。
（三）将城市涉水事务的具体管理职责交给城市人民政府，并由城市人民政府确定供水、节水、排水、污水处理方面的管理体制，自治区人民政府各相关部门根据所承担的职责负责业务上的指导。
（四）国家队水资源实行统一管理，开采已探明的矿泉水、地热水由水行政主管部门在统一考虑地表水与地下水的资源状况和生活用水、农业用水、工业用水的实际需要的基础上办理取水许可证，确定开采限量。开采矿泉水、地热水，用于商业经营的企事业单位（如矿泉水厂、温泉宾馆、地热电厂等），凭取水许可证向地质矿产行政主管部门登记，办理相应的采矿许可证，并按照水行政主管部门确定的开采限量开采。
（五）所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。
六． 内设机构
本规定由内蒙古自治区机构编制委员会办公室负责解释，其调整由内蒙古自治区机构编制委员会办公室按规定程序办理。
