根据《中共中央、国务院关于内蒙古自治区人民政府机构改革方案的通知》（中委[2000]34号）精神，组建自治区国土资源厅。国土资源厅是主管土地资源、矿产资源等自然资源的规划、管理、保护与合理利用的自治区人民政府组成部门。
国土资源厅的主要职责是：
（一）承担保护与合理利用土地资源和矿产资源的责任。组织拟订全区国土资源发展规划。开展国土资源经济形势分析，研究提出全区国土资源供需总量平衡的政策建议。落实国家国土资源调控政策，参与自治区经济运行、区域协调、城乡统筹的研究并拟订自治区涉及国土资源的调控政策和措施。编制并组织实施自治区国土资源领域资源节约集约利用和循环经济的政策措施。
（二）承担规范自治区国土资源管理秩序的责任。组织起草国土资源管理地方性法规、规章草案，制定全区国土资源保护、管理、合理利用和测绘行政管理以及地质环境保护的政策措施。监督检查土地、矿产资源和测绘等法律法规的贯彻执行情况以及土地、矿产资源规划和测绘规划的执行情况。监督指导盟市国土资源行政主管部门行政执法工作。调查处理国土资源重大违法案件。组织开展土地、矿产资源和测绘法律、法规宣传教育。组织和实施国家土地、矿产资源和测绘管理的技术标准、规程、规范和办法。
（三）承担自治区优化配置国土资源的责任。编制和组织实施全区土地利用总体规划、土地整理复垦开发规划和其他专项规划、计划。组织编制矿产资源、测绘、地质勘查和地质环境等规划以及地质灾害防治、矿山环境保护等专项规划并监督检查规划执行情况。指导和审核全区各级土地利用总体规划、矿产资源规划和其他专项规划。负责全区土地利用年度计划管理。参与报国务院、自治区人民政府审批的涉及土地、矿产和测绘等相关规划的审核。
（四）负责规范自治区国土资源权属管理。依法保护土地资源和矿产资源所有者和使用者的合法权益，组织承办和调处重大权属纠纷，指导土地确权，组织实施各类土地登记资料的收集、整理、共享和汇交管理，提供社会查询服务。
（五）承担全区耕地保护的责任，确保土地利用总体规划确定的耕地保有量和基本农田面积不减少。组织实施耕地保护政策和措施。组织实施基本农田保护，监督占用耕地补偿制度执行情况。实施全区未利用土地开发、土地整理、土地复垦和耕地开发的监督工作。组织实施土地用途管制、农用地转用和土地征收征用，承担报国务院、自治区人民政府审批的各类用地的审核、报批工作。
（六）承担及时准确提供全区土地利用各种数据的责任。制定全区地籍管理实施办法。组织全区土地资源调查、地籍调查、土地统计和动态监测。组织自治区重大土地调查专项。指导盟市地籍调查、登记和土地分等定级估价工作。
（七）承担节约集约利用土地资源的责任。组织实施国家有关土地开发利用标准，指导、管理和监督城乡建设用地供应、政府土地储备、土地开发和节约集约利用。按规定组织实施土地使用权出让、租赁、作价出资、转让等管理办法，建立基准地价、标定地价等政府公示地价制度。会同农牧业部门监督集体建设用地使用权的流转。监督执行国家禁止和限制供地目录、划拨用地目录等。承担报自治区人民政府审批的改制企业的国有土地资产的处置。
（八）承担规范自治区国土资源市场秩序的责任。负责全区国土资源市场秩序的监督管理，监测土地市场动态和建设用地利用情况，监测和监管地价，规范和监管矿业权市场，组织对矿业权人勘查、开采活动进行监督管理，规范和监管国土资源相关社会中介组织和行为，依法查处违法违规行为。
（九）负责全区矿产资源开发的管理。依法管理权限内矿业权的审批登记发证和转让审批登记，负责实施自治区规划矿区、对国民经济具有重要价值的矿区的管理，承担实施保护性开采的特定矿种、优势矿产的开采总量控制及相关管理工作，组织编制实施矿业权设置方案。
（十）负责管理全区地质勘查行业和矿产资源储量。组织实施全区地质调查评价和矿产资源勘查，负责自治区出资的地质勘查项目的立项、监管、评审验收和成果处置，组织实施国家、自治区重大地质勘查专项，管理权限内地质勘查资质、地质勘查成果，统筹管理、监督协调全区公益性地质调查和战略性矿产勘查工作。
（十一）承担自治区地质环境保护的责任。组织实施矿山地质环境保护，组织监督管理古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地，依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作，监测、监督防止地下水过量开采和污染，承担城市地质、农业地质、旅游地质的勘查和评价工作。
（十二）承担全区地质灾害预防和治理的责任。组织、协调和监督全区地质灾害防治工作，拟订、组织实施重大地质灾害等国土资源突发事件应急预案。
（十三）依法征收资源收益，规范、监督资金使用。依法组织土地、矿产资源专项收入的征管，配合有关部门拟订收益分配制度，配合有关部门指导、监督全区土地整理、土地复垦、土地开发等专项资金的收取和使用。参与管理土地、矿产等资源性资产，参与管理国家和自治区出资形成的矿业权权益，负责有关资金、基金的预算和财务、资产管理与监督。
（十四）推进全区国土资源科技进步。组织制定、实施国土资源科技发展和人才培养规划、计划，组织实施重要科技项目，推进国土资源信息化建设和信息资料的公共服务。
（十五）开展自治区国土资源开发对外合作与交流。拟订全区对外合作勘查、开采矿产资源政策并组织实施，组织协调区外矿产资源勘查，依法审批矿产资源对外合作区块，监督对外合作勘查开采行为。
（十六）组织编制自治区基础测绘和重大测绘项目规划，实施测绘行业管理，指导全区测绘事业工作。
（十七）承办自治区人民政府交办的其他事项。
