根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈内蒙古自治区人民政府机构改革方案〉的通知》(厅字 [2009] 4号)精神，设立内蒙古自治区财政厅，为自治区人民政府组成部门。
财政厅的主要职责是：
(一)贯彻执行国家财政、税收的方针、政策，拟订全区财政、税收的中长期规划、计划，并组织实施；分析预测自治区宏观经济形势，参与制定各项宏观经济政策；提出运用财税政策实施经济调节和综合平衡社会财力的建议，拟订自治区和盟市、旗县的财政分配办法；起草全区财政、财务、会计管理的地方性法规规章草案；推进自治区财政管理体制改革。
(二)承担自治区本级各项财政收支管理的责任，负责编制年度全区及自治区本级预算并组织执行，编制和汇总全区及自治区本级财政决算；受自治区人民政府委托，向自治区人民代表大会报告自治区本级和全区年度财政预算及其执行情况，向自治区人大常委会报告财政决算；组织制订自治区本级经费开支标准、定额，负责审核批复部门(单位)的年度预决算；办理自治区与盟市财政年终结算事宜。
(三)研究拟定自治区管理权限范围内的有关税收办法及税收调整方案；负责政府非税收入管理，按规定管理行政事业性收费、政府性基金及其他非税收入；管理财政票据，制定彩票管理的有关办法，管理彩票市场，按规定管理彩票资金。
(四)组织实施全区国库管理制度、国库集中收付制度，指导和监督自治区国库业务，按规定开展国库现金管理工作，执行政府采购制度并监督管理。
(五)组织实施行政事业单位国有资产管理规章制度，按规定管理自治区本级行政事业单位国有资产，制定自治区本级资产配置标准和费用消耗定额。
(六)负责审核和汇总编制全区国有资本经营预决算草案，组织实施国有资本经营预算的制度和办法；收取自治区本级企业国有资本收益，组织实施企业财务制度及政府与企业的分配制度和办法；按规定管理资产评估工作。
(七)负责办理和监督自治区财政的经济发展支出、中央和自治区政府性投资项目的财政拨款，参与拟订自治区建设投资的有关政策；制定基本建设财务制度，负责有关政策性补贴和专项储备资金财政管理工作；负责全区农业综合开发管理工作。
(八)会同有关部门管理自治区财政社会保障和就业及医疗卫生支出，会同有关部门拟订全区社会保障资金(基金)的财务管理制度，编制自治区社会保障预决算草案。
(九)贯彻执行国家关于政府内外债务管理的制度和政策，依法制定全区政府性债务管理制度和办法；负责统一管理政府内外债务。
(十)负责管理会区会计工作，监督和规范会计行为，指导和监督自治区注册会计师和会计师事务所的业务，指导和管理社会审计。
(十一)监督检查财税法规、政策执行情况，反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政管理的政策和建议。
(十二)承办自治区人民政府交办的其他事项。
